同夜、清川八郎が新徳寺に浪士を集め、尊皇攘夷の意思を表明する。

残留組他の浪士隊が江戸へ出発。壬生村に残留した近藤らはが、京都守護職・会津藩主松平肥後守容保御預かりとなり、壬生浪士組と改める。京都市中警護を開始。

阿比留鋭三郎病死。

１３日、「来る８月２０日、天皇は攘夷祈願のために大和へ行幸される。続いて、攘夷親征のために伊勢神宮に参拝される」と朝廷が発表しました。これは尊皇攘夷派の長州藩による政治工作で、天皇の傍を固める公卿に手が回され、行幸・参拝に乗じて江戸へ攻め上り幕府を倒そうという策略でした。
これに対して公武合体派の薩摩藩・会津・淀の三藩はクーデターを計画！１８日夜、薩摩系の公卿・中川宮によって孝明天皇の勅許を得、長州系の公卿に禁足、つまり御所への出入り禁止を命じ、長州藩の堺町御門護衛を解いたのでした。
この日初めて壬生村浪士隊は正式に会津藩より出動が命じられ、御所内お花畑に出陣して御所の南門を守りました。
一夜にして朝敵となった長州藩は、長州系の公卿・三条実美らと共に都落ちしました。

早朝、木屋町の桝屋喜右衛門を捕縛。土方が拷問にあたり、本名を古高俊太郎と判明。また、過激派浪士による御所焼き討ちの企てを吐かせました。大火の混乱に乗じて会津藩主・松平容保を暗殺し、帝を長州へ、というとんでもない企みでした。
そしてその日の夜、過激派浪士達の会合に奇襲を掛けるべく、鴨川を挟んで会合がもたれそうな東西の旅籠をしらみつぶしに捜索します。ついに古高奪還を謀議していた池田屋の会合を見つけ、近藤、沖田、藤堂、永倉、近藤周平の六名が池田屋に突入！　激闘は二時間にも及び、宮部鼎蔵(肥後)、吉田稔麿(長州)、北添佶麿(土佐)ら七名を殺害、二十三名を逮捕しました。
この騒動の報せを受けた長州藩のうち、急進派の来島又兵衛・久坂玄端らは直ちに上洛を決意！　後の蛤御門の変を引き起こすことになります。

後日８日に近藤は池田屋事件の顛末を故郷に報じています。

市中警護支援として新撰組の応援に出動していた会津藩士柴司が、清水産寧坂の明保野亭で土州家老福岡宮内組士の麻田時太郎を誤って槍で突いてしまいました。麻田が翌日のうちに自刃してしまった為、事態収拾の為に１２日柴も自刃。武士のなんたるかを物語る事件です…

御所に発砲した長州軍を退け、新撰組は九条河原へ出陣！

６月２２日、来島又兵衛の率いる長州軍は、京都を包囲しました。武力を背景にして、八月十八日の政変以前の状態に戻すよう朝廷に訴えました。
が、薩摩藩士・西郷隆盛の工作によって朝廷は長州追討を決意！　長州軍もまた、孝明天皇を長州へ動座させるべく御所突入を決意しました。
長州軍はついに御所西側の蛤御門に殺到！　迎え撃つ会津軍・薩摩軍と激突しました。薩摩軍の近代装備の前に長州軍は成す術もなく敗退…来島又兵衛・久坂玄端は戦死。
この後、朝廷・幕府は長州藩を壊滅させるべく、長州征伐へと乗り出すことになります。

谷三十郎ら、大阪城焼き討ちの企てを阻止すべく大坂の石蔵屋を襲撃し、土佐藩士大利鼎吉を斬殺する。

この頃、三条大橋西詰の制札場に長州藩を朝敵として批判する制札が立てられていました。が、８月２８日夜、十津川郷士中井庄五郎、前岡力雄、深瀬仲麿、豊永植西らが、制札の文字を墨で消した上、引っこ抜いて鴨川の川原に投げ捨てるという事件が起きました。制札は９月２日に再び立てられましたが、５日の夜またもや四人の浪士がやってきて制札を引っこ抜き何処へやら持ち去ってしまいました。
事態を重く見た幕府が９日再び制札を立てるとともに、新撰組へ警備を要請。犯人逮捕の為に、橋の東詰の町家、西側の酒屋、南側の先斗町会所の三箇所に隊士を配置し、さらに隊士二人を乞食に変装させて犯人の再来を待ちます。
はたして１２日夜、制札に狼藉を働こうとした土佐藩士八人と、逸早く察知した原田左之助率いる新選組隊士十二人が乱闘！土佐藩士1名斬殺、宮川助五郎捕縛。

幕臣取り立てに対して異議を唱る、茨城司、佐野七五三之助、富川十郎、中村五郎を首謀者とする十名。彼らは伊東甲子太郎が新撰組に残していったブレーンでした。
１３日、「二君に仕えるは武士の面目が立たない」と理由をこねて新撰組脱隊の嘆願書を会津藩に提出。これを受け取った会津藩公用方の小野権之丞と諏訪常吉は当惑し、近藤の下に通報します。新撰組から早速、近藤、土方、山崎烝、尾形俊太郎、吉村貫一郎の五人が会津藩邸に出向いて説得に当たりました。
が、埒あかず、翌日改めて話し合いの会合が行われました。この日も一向に決着がつく様子がなく…。すると突然、佐野が中座して別室に茨木、富永、中村の三人を呼び入れました。何やら密談をしている様子であったので、気になった島崎魁が中を覗くと、既に彼らは自刃して果てていました！

…しかしこれで話は終わらず、この後怪談のような出来事が起きたといいます。死体を片付けるため佐野の屍の前に座った時、死んでいるはずの佐野が突然立ち上がり、自分の喉を貫いていた脇差を抜いて大石に斬り付けたといいます…(+■+；)　仰天する大石の頬と太股を傷付け、佐野は再びその場に倒れました。傍らにいた志村武蔵らが脇差を抜いて佐野の体を突き通しました…が、すでにぴくりともしませんでした。…しかもその後、駕籠に乗せるために死体に縄をかけようとすると、佐野の口は縄に噛み付いて放さなかったといいます…

元新撰組副長助勤の武田は兵学者で長沼流兵法をよくし、軍師として采配を振るっていました。が、洋式兵制を導入してから武田の立場は揺るぎ、新撰組に居場所がなくなってしまいます。そこで密かに隊を脱走し、分離した伊東に接触をはかりました。が、伊東に拒絶された為、やむなく薩摩藩に接触をはかったといいます。
そんな武田の動きを新撰組は放っておくわけはありません！２２日、竹田街道銭取橋付近で武田を肩先から袈裟懸けに切り下ろして斬殺しました。

また同時期、浅野薫が御陵衛士の阿部十郎のもとを頼っていました。浅野は前年の三条制札事件での失策が原因で隊を追放された隊士です。
三条制札事件の折、斥候に立っていたにもかかわらず恐怖に怖気づいて、大石鍬次郎らが詰めていた橋東の町家へ中心するのが遅れた為に五人もの逃亡者を出してしまったのです。浅野は池田屋事件にも参戦した古参隊士でしたが、この失策によって卑怯者扱いされるようになり、後に隊を追放されてしまったのでした…。
それで阿部は親しい間柄だった浅野を保護してやろうと、御陵衛士に加えることは出来ないのでとりあえず山科に潜伏させて、土佐藩の御陵隊に預けることとしました。
しかし、この浅野の不穏な行動もまた新撰組は察知します。沖田総司が追ってとして差し向けられ、葛野郡川勝寺村に浅野を追い詰めました。逃げる浅野に向けて沖田の剣が一閃…。斬られた浅野は桂川に落ちて流されてしまいました…。

※この浅野薫失脚の過程は異説有り→　近藤勇不在時に土方歳三によって押し進められた三浦啓之助の松代藩帰藩計画に浅野薫は助力していたものと思われる。が、啓之助の帰藩計画は失敗した上に局長の逆鱗に触れ、一身にその責任を負わされたのではないか？というもの。

伊東甲子太郎、藤堂平助らを油小路で暗殺。

新撰組、紀州藩士三浦休太郎を護衛して陸・海援隊の残党と戦う。宮川新吉、船津釜太郎、討死。

新撰組は淀千両松の戦闘に破れ、橋本へ撤退。

土方歳三、鴻之台の旧幕府軍に参加する。

旧幕府軍、甲鉄艦奪取に失敗し、野村利三郎戦死する。